长宁区环境工程设计资质申请费用主要取决于企业自身条件、资质等级和委托资质代办机构等因素。下面列举了影响资质申请费用的主要因素：
1. 企业自身条件：企业的注册资本、人员配备、技术装备等因素会影响资质申请费用。资质等级越高，要求越严格，费用也就越高。
2. 资质等级：环境工程设计资质分为甲级、乙级、丙级，等级越高，申请费用越高。
3. 资质代办机构：委托资质代办机构可以省去企业自行办理的麻烦，但代办机构的费用也会影响总支出。
4. 申请材料准备：申请材料准备的齐全程度也会影响费用。材料准备不齐全，可能需要多次提交，导致费用增加。
5. 审批时间：审批时间长短也会影响费用。审批时间越长，代办机构需要投入更多时间和精力，费用也会相应增加。
6. 地域因素：不同地区的环境工程设计资质申请费用可能存在差异。长宁区作为上海市中心城区，费用一般高于郊区。
7. 政策变动：政府政策的变动也会影响资质申请费用。政策调整后，申请要求或费用标准可能发生变化。
8. 新旧政策过渡：新旧政策过渡期间，资质申请费用可能出现波动。企业需要及时了解政策变化，避免额外支出。
9. 人员费用：资质申请需要相关专业技术人员，其费用也会计入总支出。
10. 其他费用：诸如公证费、认证费、复印费等其他杂费也会影响总费用。
因此，长宁区环境工程设计资质申请费用的具体金额因企业具体情况而异。企业在申请资质前，应综合考虑上述因素，制定合理的预算，并选择正规资质代办机构进行合作，确保资质申请顺利槁效。